工程(索引): 索引只维护会提交内容；修复独占锁内收集自锁

- 维护索引按 git 视角枚举（已跟踪 + 未跟踪且未忽略）：被 .gitignore 忽略的运行痕迹与
  过程性检查报告不再进入目录派生或影响索引门禁；非 git 场景退回原磁盘枚举
- conftest 验证闸门在 `验证锁 --执行` 启动的会话内不再取共享锁，修复 `make 索引生成`
  在独占锁内收集用例时的自锁（原 180s 超时失败 → 现 6s 通过）
- .gitignore 登记过程性检查报告与工具会话缓存（.zcode/）：可复跑，不入历史
- 新增两条测试：忽略内容不参与目录派生、独占锁内收集不自锁

.gitignore

@@ -49,3 +49,7 @@ web/playwright-report/
 
 # TypeScript增量编译缓存（已有跟踪项需另获索引操作授权后取消跟踪）
 web/*.tsbuildinfo
+
+# 工具会话缓存与过程性检查报告：可复跑，不入历史
+docs/实现回顾/专项检查-报告-*.md
+.zcode/

tests/conftest.py

@@ -39,7 +39,7 @@ def 准备验证闸门(session: pytest.Session) -> None:
     """采集前持锁；外部环境层再核对源码身份，不一致立即失败，不等到几百个用例报假错。"""
     from contextlib import ExitStack
 
-    from 验证锁 import 持有, 源码身份核对, 登记说明
+    from 验证锁 import 已在独占锁内, 持有, 源码身份核对, 登记说明
 
     # 离线层按用例显式注入源码资源，不依赖已安装资源身份；只有外部环境层才需要同身份。
     if session.config.getoption("--外部环境"):
@@ -54,7 +54,10 @@ def 准备验证闸门(session: pytest.Session) -> None:
 
     说明 = f"pytest {' '.join(session.config.args) or '全部'}（pid {os.getpid()}）"
     登记说明(说明)
-    _验证闸门["栈"].enter_context(持有(说明))
+    # 由 `验证锁 --执行` 启动时父进程已持独占写锁，再取共享锁会自锁；
+    # `make 索引生成` 就在锁内收集用例，走的正是这条路径。
+    if not 已在独占锁内():
+        _验证闸门["栈"].enter_context(持有(说明))
 
 
 def pytest_addoption(parser: pytest.Parser) -> None:

tests/架构/test_技能与文档索引.py

@@ -8,6 +8,7 @@
 
 from __future__ import annotations
 
+import subprocess
 import sys
 from pathlib import Path
 
@@ -15,7 +16,7 @@ import pytest
 
 仓库根 = Path(__file__).resolve().parents[2]
 sys.path.insert(0, str(仓库根 / "工具"))
-from 维护索引 import 检查技能目录  # noqa: E402
+from 维护索引 import 写入目录, 检查技能目录, 检查派生目录  # noqa: E402
 
 
 def _写能力样本(根: Path, 相对: str, 身份: str, 名称: str) -> Path:
@@ -155,6 +156,35 @@ def test_skill_directory_without_skill_file_fails__e8450b(tmp_path: Path) -> Non
     assert any("缺少 SKILL.md" in p for p in 问题), 问题
 
 
+@pytest.mark.case_id(
+    "TC-7b1e4d9c35a2",
+    environment="离线，临时 git 工作树",
+    when="读取或生成登记资源及导航。",
+    contract="docs/系统架构/新版设计/编排与能力资源.md",
+)
+def test_索引只覆盖会提交内容而忽略运行痕迹__7b1e4d(tmp_path: Path) -> None:
+    """被 .gitignore 忽略的运行痕迹不进入目录派生，也不影响索引一致性。"""
+    根 = tmp_path
+    subprocess.run(["git", "init", "-q"], cwd=根, check=True)
+    (根 / ".gitignore").write_text("docs/噪音/\n", encoding="utf-8")
+    (根 / "docs").mkdir()
+    (根 / "docs" / "目录.md").write_text(
+        "| 名称 | 相对地址 | 内容描述 | 使用场景 | 使用要求 |\n"
+        "|------|----------|----------|----------|----------|\n",
+        encoding="utf-8",
+    )
+    (根 / "docs" / "真实.md").write_text("# 真实\n\n正文。\n", encoding="utf-8")
+    (根 / "docs" / "噪音").mkdir()
+    (根 / "docs" / "噪音" / "跑痕.json").write_text("{}\n", encoding="utf-8")
+
+    写入目录(根)
+    文本 = (根 / "docs" / "目录.md").read_text(encoding="utf-8")
+    assert (根 / "docs" / "噪音" / "跑痕.json").is_file()  # 痕迹在磁盘上，只是不参与派生
+    assert "真实.md" in 文本
+    assert "噪音" not in 文本
+    assert 检查派生目录(根) == []
+
+
 def _角色字节(身份: str, 名称: str, 额外: str = "") -> bytes:
     return (
         f"---\nid: {身份}\nname: {名称}\ncategory: role\n"

tests/架构/test_测试依赖与执行证据.py

@@ -255,3 +255,40 @@ def test_zero_exit_without_execution_evidence_fails_closed__50f80b(项目: 临
     码2, 结果2 = 项目.运行("test_跳过.py")
     assert 码2 == 5, (码2, 结果2["stdout"])
     assert "零实际执行" in 结果2["stderr"]
+
+
+@pytest.mark.case_id(
+    "TC-3c9a17d84e60",
+    environment="离线，受限子进程和临时测试项目",
+    when="收集并执行选定用例，模拟超时、缺依赖或零执行。",
+    contract=".agent/rules/测试隔离.md",
+)
+def test_独占锁内启动的收集会话不自锁__3c9a17(项目: 临时项目, tmp_path: Path) -> None:
+    """`验证锁 --执行` 已持独占锁时，子 pytest 会话不再取共享锁（否则自锁）。"""
+    项目.写("tests/单元/test_样本.py", "def test_样本__c10001():\n    assert True\n")
+    环境变量 = {**_清理环境(), "MUSE_验证锁": str(tmp_path / "验证锁.lock")}
+    工具目录 = str(项目.根 / "工具")
+    环境变量["PYTHONPATH"] = 工具目录 + (
+        (":" + 环境变量["PYTHONPATH"]) if 环境变量.get("PYTHONPATH") else ""
+    )
+    进程 = subprocess.run(
+        [
+            sys.executable,
+            str(项目.根 / "工具/验证锁.py"),
+            "--执行",
+            sys.executable,
+            "-m",
+            "pytest",
+            "--collect-only",
+            "-q",
+            "-p",
+            "no:cacheprovider",
+        ],
+        cwd=项目.根,
+        capture_output=True,
+        text=True,
+        timeout=120,
+        env=环境变量,
+    )
+    assert 进程.returncode == 0, (进程.stdout, 进程.stderr)
+    assert "test_样本" in 进程.stdout

tests/用例清单.json

@@ -30238,6 +30238,28 @@
       ],
       "markers": []
     },
+    {
+      "case_id": "TC-3c9a17d84e60",
+      "environment": "离线，受限子进程和临时测试项目",
+      "when": "收集并执行选定用例，模拟超时、缺依赖或零执行。",
+      "contract": ".agent/rules/测试隔离.md",
+      "file": "tests/架构/test_测试依赖与执行证据.py",
+      "symbol": "test_独占锁内启动的收集会话不自锁__3c9a17",
+      "parameter_ids": [],
+      "node_ids": [
+        "tests/架构/test_测试依赖与执行证据.py::test_独占锁内启动的收集会话不自锁__3c9a17"
+      ],
+      "fixtures": [
+        "request",
+        "tmp_path",
+        "tmp_path_factory",
+        "测试资源接缝",
+        "源码资源",
+        "离线防护",
+        "项目"
+      ],
+      "markers": []
+    },
     {
       "case_id": "TC-3d92e0528232",
       "environment": "默认离线",
@@ -32415,6 +32437,27 @@
       ],
       "markers": []
     },
+    {
+      "case_id": "TC-7b1e4d9c35a2",
+      "environment": "离线，临时 git 工作树",
+      "when": "读取或生成登记资源及导航。",
+      "contract": "docs/系统架构/新版设计/编排与能力资源.md",
+      "file": "tests/架构/test_技能与文档索引.py",
+      "symbol": "test_索引只覆盖会提交内容而忽略运行痕迹__7b1e4d",
+      "parameter_ids": [],
+      "node_ids": [
+        "tests/架构/test_技能与文档索引.py::test_索引只覆盖会提交内容而忽略运行痕迹__7b1e4d"
+      ],
+      "fixtures": [
+        "request",
+        "tmp_path",
+        "tmp_path_factory",
+        "测试资源接缝",
+        "源码资源",
+        "离线防护"
+      ],
+      "markers": []
+    },
     {
       "case_id": "TC-7c28d3e5268e",
       "environment": "默认离线",

工具/维护索引.py

@@ -37,6 +37,8 @@ _忽略目录片段 = frozenset(
 # 新版用例目录：旧测试树（tests/skills、tests/adapters、tests/architecture 英文目录等）
 # 由旧环境运行，不进入新版用例身份检查
 _新版用例目录 = ("单元", "契约", "集成", "架构", "迁移", "端到端", "真实调用")
+# 按 git 工作树顶层缓存「会提交内容」，同一轮多次遍历不重复询问 git。
+_仓库缓存: dict[Path, frozenset[Path] | None] = {}
 
 
 def _在忽略目录(路径: Path, 根: Path) -> bool:
@@ -47,8 +49,90 @@ def _在忽略目录(路径: Path, 根: Path) -> bool:
     return any(片段 in 相对.parts for 片段 in _忽略目录片段)
 
 
+def _仓库顶层(根: Path) -> Path | None:
+    """根所在 git 工作树的顶层目录；不在工作树内时返回 None。"""
+    try:
+        输出 = subprocess.run(
+            ["git", "-C", str(根), "rev-parse", "--show-toplevel"],
+            capture_output=True,
+            text=True,
+            timeout=30,
+            check=True,
+        ).stdout.strip()
+    except (OSError, subprocess.SubprocessError):
+        return None
+    return Path(输出).resolve() if 输出 else None
+
+
+def _会提交内容(根: Path) -> frozenset[Path] | None:
+    """根下会提交的路径（文件与其祖先目录）；非 git 场景返回 None，调用方退回磁盘枚举。
+
+    索引只维护会提交的内容：被 .gitignore 忽略的运行痕迹、检查报告与缓存既不
+    进入派生，也不承担扫描成本。
+    """
+    顶层 = _仓库顶层(根)
+    if 顶层 is None:
+        return None
+    if 顶层 not in _仓库缓存:
+        try:
+            输出 = subprocess.run(
+                [
+                    "git",
+                    "-C",
+                    str(顶层),
+                    "ls-files",
+                    "-z",
+                    "--cached",
+                    "--others",
+                    "--exclude-standard",
+                ],
+                capture_output=True,
+                timeout=60,
+                check=True,
+            ).stdout
+        except (OSError, subprocess.SubprocessError):
+            _仓库缓存[顶层] = None
+            return None
+        文件集: set[Path] = set()
+        for 名 in 输出.decode("utf-8", "surrogateescape").split("\0"):
+            路径 = 顶层 / 名
+            if 名 and 路径.is_file():
+                文件集.add(路径)
+        目录集 = {
+            祖先 for p in 文件集 for 祖先 in p.parents if 祖先 == 顶层 or 顶层 in 祖先.parents
+        }
+        _仓库缓存[顶层] = frozenset(文件集 | 目录集)
+    内容 = _仓库缓存[顶层]
+    if 内容 is None:
+        return None
+    本根 = 根.resolve()
+    return frozenset(p for p in 内容 if p == 本根 or 本根 in p.parents)
+
+
+def _会提交条目(根: Path, 目录: Path) -> list[Path] | None:
+    """目录下会提交的一级条目（文件与子目录）；非 git 场景返回 None。"""
+    内容 = _会提交内容(根)
+    if 内容 is None:
+        return None
+    return sorted(p for p in 内容 if p.parent == 目录)
+
+
+def _会提交子目录(根: Path, 目录: Path) -> list[Path]:
+    """目录下会提交的一级子目录；非 git 场景退回磁盘枚举。"""
+    条目 = _会提交条目(根, 目录)
+    if 条目 is None:
+        return sorted(p for p in 目录.iterdir() if p.is_dir())
+    return [p for p in 条目 if p.is_dir()]
+
+
 def 遍历文件(根: Path, 模式: str):
-    """在进入目录前剪枝，忽略缓存和历史树不承担扫描成本。"""
+    """只遍历会提交的内容；忽略的运行痕迹不参与派生，也不承担扫描成本。"""
+    内容 = _会提交内容(根)
+    if 内容 is not None:
+        for 文件 in sorted(内容):
+            if 文件.is_file() and fnmatch(文件.name, 模式) and not _在忽略目录(文件, 根):
+                yield 文件
+        return
     for 当前, 目录名, 文件名 in os.walk(根, followlinks=False):
         目录名[:] = sorted(名 for 名 in 目录名 if 名 not in _忽略目录片段)
         for 名 in sorted(文件名):
@@ -102,8 +186,8 @@ def 检查技能目录(根: Path) -> list[str]:
         return ["技能目录不存在：.agent/skills（缺失即失败，不静默跳过）"]
     问题: list[str] = []
     已见: dict[str, str] = {}
-    for 分组 in sorted(p for p in 技能根.iterdir() if p.is_dir()):
+    for 分组 in _会提交子目录(根, 技能根):
-        for 技能目录 in sorted(p for p in 分组.iterdir() if p.is_dir()):
+        for 技能目录 in _会提交子目录(根, 分组):
             名称 = 技能目录.name
             相对 = str(技能目录.relative_to(根))
             技能文件 = 技能目录 / "SKILL.md"
@@ -189,7 +273,7 @@ def _目录文件(根: Path) -> list[Path]:
     }
     技能根 = 根 / ".agent/skills"
     if 技能根.is_dir():
-        文件组.update(p / "目录.md" for p in 技能根.iterdir() if p.is_dir())
+        文件组.update(p / "目录.md" for p in _会提交子目录(根, 技能根))
     return sorted(文件组)
 
 
@@ -251,16 +335,15 @@ def 派生目录(根: Path) -> dict[Path, str]:
         原文 = 索引.read_text(encoding="utf-8") if 索引.is_file() else ""
         旧行 = _表格行(原文)
         分组 = 索引.parent.parent == 技能根
+        条目 = _会提交条目(根, 索引.parent)
+        if 条目 is None:
+            条目 = sorted(索引.parent.iterdir())
         if 分组:
-            文件组 = [
+            文件组 = [p / "SKILL.md" for p in 条目 if p.is_dir() and (p / "SKILL.md").is_file()]
-                p / "SKILL.md"
-                for p in sorted(索引.parent.iterdir())
-                if p.is_dir() and (p / "SKILL.md").is_file()
-            ]
         else:
             文件组 = [
                 (p / "目录.md" if (p / "目录.md").is_file() else p)
-                for p in sorted(索引.parent.iterdir())
+                for p in 条目
                 if p != 索引 and not p.name.startswith(".") and p.name != "__pycache__"
             ]
         新行 = {}
@@ -352,7 +435,7 @@ def 检查技能索引(根: Path) -> list[str]:
     if not 技能根.is_dir():
         return ["技能目录不存在：.agent/skills"]
     问题 = []
-    for 分组 in sorted(p for p in 技能根.iterdir() if p.is_dir()):
+    for 分组 in _会提交子目录(根, 技能根):
         索引 = 分组 / "目录.md"
         if not 索引.is_file():
             问题.append(f"分组缺目录：{分组.name}")
@@ -363,9 +446,7 @@ def 检查技能索引(根: Path) -> list[str]:
             if 地址.endswith("/SKILL.md")
         ]
         磁盘名 = {
-            f"{p.name}/SKILL.md"
+            f"{p.name}/SKILL.md" for p in _会提交子目录(根, 分组) if (p / "SKILL.md").is_file()
-            for p in 分组.iterdir()
-            if p.is_dir() and (p / "SKILL.md").is_file()
         }
         if set(索引名) != 磁盘名:
             问题.append(

工具/验证锁.py

@@ -25,6 +25,12 @@ from typing import Any
 _持锁标记 = "MUSE_写入锁已持有"
 
 
+def 已在独占锁内() -> bool:
+    """本进程是否由 `--执行` 启动：父进程已持独占写锁，不能再取共享锁。"""
+
+    return os.environ.get(_持锁标记) == "1"
+
+
 def 正在验证() -> str | None:
     """返回当前验证说明；没有验证在跑时返回 None。
 
@@ -32,7 +38,7 @@ def 正在验证() -> str | None:
     不能把自己判成「验证正在运行」；用环境变量把这一事实传给子进程。
     """
 
-    if os.environ.get(_持锁标记) == "1":
+    if 已在独占锁内():
         return None
     if not 锁路径.exists():
         return None